กระทรวงศึกษาธิการได้เสนอมาตรการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ ต่อคณะรัฐมนตรี  ปี พ.ศ.2542 ตามหนังสือกระทรวงศึกษาธิการ  ที่  ศธ 0205/4993  ลงวันที่ 12 พฤษภาคม 2542 และได้ขอความเห็นชอบเกี่ยวกับ กลยุทธ์การดำเนินงานและโครงสร้างการบริหารงานของการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ  โดยกำหนดให้สอดคล้องกับรูปแบบของการบริหารจัดการศึกษา ตามพระราชบัญญัติการจัดการศึกษาแห่งชาติ ฉบับใหม่ สาระสำคัญประการหนึ่งในโครงสร้างการบริหารการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ  คือ ให้มีศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัด ทำหน้าที่เป็นศูนย์เตรียมการนำนโยบายไปสู่การปฏิบัติ  จัดทำและจัดสรรงบประมาณให้แก่สถานศึกษา  ประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ในพื้นที่  ให้บริการการศึกษาบำบัดฟื้นฟูและดำเนินการระบบส่งต่อโรงเรียนและชุมชนโดยมีเงื่อนไขในชั้นนี้คือ  ให้โรงเรียนการศึกษาพิเศษ ของกรมสามัญใน 35 จังหวัด ทำหน้าที่ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัด และให้ขอใช้สถานที่ของโรงเรียนสังกัดกรมสามัญศึกษาหรือสำนักงานสามัญศึกษาจังหวัด  ในจังหวัดที่ไม่มีโรงเรียนการศึกษาพิเศษ เพื่อจัดตั้งเป็นศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัด ในอีก 39 จังหวัด